Alcuni storici fanno risalire l’origine del nome ad Aquilia, dall’aquila che era l’insegna delle legioni romane che attraversavano la Via Iulia Augusta sovrastante Laigueglia. Le prime testimonianze scritte sulla vita del paese risalgono al XII secolo, quando entrò a far parte della repubblica Genovese. Il borgo marinaro – abitato per lo più da pescatori – giurò nel 1191 assoluta fedeltà alla Repubblica di Genova, entrando a far parte dei territori genovesi ed eleggendo un podestà locale.
Tra il XII ed il XIII secolo subì una forte immigrazione di abitanti catalani, che vennero a pescare il corallo nei pressi di Capo Mele e si stabilirono in paese con le loro famiglie, dando origine ad alcuni dei più vecchi ceppi tuttora esistenti.
Nei secoli XV/XVI Laigueglia fu un centro marinaro e commerciale di grande importanza, nonostante la presenza sulle coste liguri dei Saraceni che, favoriti dall’assenza dei marinai in navigazione, assalivano i paesi bruciando le case, portando via gli abitanti ed i loro beni. Due di questi predoni, il turco Dragut ed il famoso Khayr Al Din, detto il Barbarossa, impegnarono per anni in scontri navali e terrestri le armate spagnole e genovesi. La piccola Laigueglia ebbe a che fare con entrambi. Nel 1543 venne attaccata dal Barbarossa, allora ammiraglio dell’imperatore turco Solimano, che tentò lo sbarco sottoponendo la cittadina ad un furioso cannoneggiamento dal mare. Gli abitanti fuggirono verso la collina, mentre dal mare le navi della Repubblica risposero all’attacco, cosicché i Turchi abbandonarono l’impresa. Nel 1546 lo sbarco riuscì però al pirata Dragut che fece incetta di ostaggi. Fu grazie al capitano alassino Giulio Berno che Laigueglia ed i suoi abitanti furono salvi. Comunque, in quel periodo gli attacchi dei corsari e dei pirati lungo le coste liguri s’infittirono. La Repubblica invitò allora tutti i Comuni rivieraschi a munirsi di torri, di bastioni, di cinte murarie, fornendo aiuti finanziari e persino all’occorrenza, i progettisti più esperti. Anche Laigueglia pensò alla sua difesa, facendo costruire tre torrioni, di cui possiamo ammirare il superstite: quello di levante.
Nel sec. XVII la marineria mercantile raggiunse il suo massimo sviluppo con il trasporto di olio, granaglie e vino, con un traffico di oltre 100 bastimenti al mese.
Come testimonianza di quel periodo di invasioni e di fulgori rimane oggi l’architettura caratteristica del vecchio centro storico con i suoi tipici carruggi, progettati per esigenze difensive e la maestosa Chiesa di San Matteo realizzata nella sua ultima, attuale struttura tra il 1754 ed il 1783 sull’area del preesistente Oratorio omonimo risalente al IV secolo d.c.